จากนโยบายและแผนยุทธศาสตร์ของสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติและของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยดังกล่าว สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์และส่วนงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้องจึงกำหนดยุทธศาสตร์ เป้าประสงค์ ดังนี้

        ยุทธศาสตร์ที่ ๑ : การพัฒนาองค์ความรู้และผลงานวิจัยเชิงพุทธบูรณาการเพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืน

        ยุทธศาสตร์ที่ ๒ : การพัฒนานักวิจัย การเสริมสร้างจริยธรรมการวิจัย และเครือข่ายการวิจัยทั้งในระดับชาติและนานาชาติ

        ยุทธศาสตร์ที่ ๓ : การจัดการความรู้ การเผยแพร่และการประยุกต์ใช้องค์ความรู้และผลงานวิจัยเพื่อการพัฒนาสังคมและกิจการคณะสงฆ์

        ยุทธศาสตร์ที่ ๔ : การเสริมสร้างสังคมแห่งการเรียนรู้ด้วยองค์ความรู้และกระบวนการวิจัยอย่างสร้างสรรค์

        ยุทธศาสตร์ที่ ๕ : การพัฒนาระบบการบริหารการวิจัย กองทุนการวิจัยและงานสร้างสรรค์ที่มีประสิทธิภาพ

        ยุทธศาสตร์ที่ ๖ : การพัฒนาการเรียนการสอน ฐานข้อมูลวิจัย และการเชื่อมโยงระบบฐานข้อมูลเพื่อสนองพันธกิจของมหาวิทยาลัยและการพัฒนาที่ยั่งยืน

ยุทธศาสตร์ที่ ๑ : การพัฒนาองค์ความรู้และผลงานวิจัยเชิงพุทธบูรณาการเพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืน

    เป้าประสงค์ เพื่อการพัฒนาองค์ความรู้ รูปแบบและกระบวนการวิจัย ผลงานวิจัยเชิงพุทธบูรณาการ โดยมุ่งไปสู่ความเป็นเลิศทางการวิจัยตามหลักพระพุทธศาสนา ส่งเสริมและพัฒนาการวิจัยของมหาวิทยาลัยที่เป็นระบบและได้มาตรฐานการวิจัย รวมทั้งส่งเสริมการสร้างสรรค์องค์ความรู้ผลงานวิจัยเชิงบูรณาการ การสร้างนวัตกรรมทางเศรษฐกิจและสังคม โดยมีกลยุทธ์ ดังนี้

        ๑. พัฒนาองค์ความรู้ ผลงานวิจัย และงานสร้างสรรค์ทางพระพุทธศาสนาเชิงบูรณาการที่ครอบคลุมทุกกลุ่มความรู้และศาสตร์สมัยใหม่

        ๒. พัฒนานวัตกรรมและผลงานสร้างสรรค์ที่เป็นองค์ความรู้เพื่อต่อทางเศรษฐกิจ นวัตกรรมทางสังคมที่สามารถสร้างสรรค์สังคมอุดมปัญญา

        ๓. ส่งเสริมและพัฒนาการวิจัยเพื่อเสริมสร้างความเข้มแข็งทางพระพุทธศาสนา ภูมิปัญญาท้องถิ่น การทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม กิจการคณะสงฆ์ และการพัฒนาสังคมตามแนวพุทธ

        ๔. ส่งเสริม อนุรักษ์และพัฒนาการวิจัยเพื่อเพิ่มคุณค่าทางพระพุทธศาสนาคุณธรรม จริยธรรมศิลปวัฒนธรรมและเอกลักษณ์ทางวัฒนธรรมที่หลากหลาย

        ๕. การส่งเสริมการวิจัย การเรียนรู้ และการดำรงวิถีชีวิตตามวิถีพุทธ

ยุทธศาสตร์ที่ ๒ : การพัฒนานักวิจัย การเสริมสร้างจริยธรรมการวิจัย และเครือข่ายการวิจัยทั้งในระดับชาติและนานาชาติ