การประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้คะแนนอยู่ในระดับ ๙๓.๒๐ อยู๋ในระดับ A ประจำปี ๒๕๖๕ อยู่ในลำดับที่ ๑๓ ประเภทสถาบันอุดมศึกษา