เมื่อวันที่ ๓๐ พฤศจิกายน ๒๕๔๙ พระธรรมโกศาจารย์ อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีคำสั่งที่ ๔๑๘/๒๕๔๙ แต่งตั้งผู้ดำรงตำแหน่งที่ปรึกษาของอธิการบดี ประกอบด้วย
     ๑. พระพรหมมังคลาจารย์ (ปั่น ปญฺญานนฺโท) ป.ธ.๔, ที่ปรึกษาเข้าคณะภาค ๑๘ เจ้าอาวาสวัดชลประทานรังสฤษฏ์ จังหวัดนนทบุรี
     ๒. พระพรหมคุณาภรณ์ (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) ศาสตราจารย์พิเศษ, ป.ธ.๙,พธ.บ. เจ้าอาวาสวัดญาณเวศกวัน จังหวัดนครปฐม 
     ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ ๓๐ พฤศจิกายน ๒๕๔๙ เป็นต้นไป

     นอกจากนี้ได้มีคำสั่งแต่งตั้ง คณบดี จำนวน ๔ คณะ ประกอบด้วย
     ๑. คำสั่งที่ ๔๒๐/๒๕๔๙ แต่งตั้ง พระศรีสิทธิมุนี (พล อาภากโร) อายุ ๔๓ พรรษา ๒๒ ป.ธ.๙.พธ.บ.,M.A.,Ph.D.(Ling.) ดำรงตำแหน่ง คณบดีบัณฑิตวิทยาลัย
     ๒. คำสั่งที่ ๔๒๑/๒๕๔๙ แต่งตั้ง พระสุธีธรรมานุวัตร (เทียบ สิริญาโณ) อายุ ๔๕ พรรษา ๒๔ ป.ธ.๙, M.A.,Ph.D.(Pali) ดำรงตำแหน่ง คณบดีคณะพุทธศาสตร์
     ๓. คำสั่งที่ ๔๒๒/๒๕๔๙ แต่งตั้ง พระครูสุตกิจบริหาร (ขุนทอง สุวณฺณเมโธ) อายุ ๕๔ ปี พรรษา น.ธ.เอก, ป.ธ,๔, พธ.บ.,M.A.(Pol.) ดำรงตำแหน่ง คณบดีครุศาสตร์
     ๔. คำสั่งที่ ๔๒๓/๒๕๔๙ แต่งตั้ง พระมหาขวัญชัย  กิตฺติปาโล อายุ ๕๑ พรรษา ๓๐ น.ธ.เอก, ป.ธ.๕,พธ.บ.,รป.ม. ดำรงตำแหน่ง คณบดีคณะมนุษยศาสตร์ และ
     ๕. คำสั่งที่ ๔๒๔/๒๕๔๙ แต่งตั้ง พระครูปุริมานุรักษ์ (ประสิทธิ์ ธุรสิทฺโธ) อายุ ๕๖ พรรษา ๓๖ น.ธ.เอก, M.A.Ph.D.(Econ.) เป็นคณบดีคณะสังคมศาสตร์
     ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ ๑ ธันวาคม ๒๕๔๙ เป็นต้น