วันที่ 4 ม.ค.2561 จากกรณีพายุปาบึกที่ก่อตัวขึ้นในอ่าวไทยและกำลังเคลื่อนตัวขึ้นฝั่งในพื้นที่ภาคใต้ของไทย ซึ่งขึ้นฝั่งที่ อ.ปากพนัง จ.นครศรีธรรมราช ที่แรกเริ่มส่งผลกระทบเป็นวงกว้างตั้งแต่ภาคใต้ตอนบนลงไปจนถึงภาคใต้ตอนล่าง รวมถึงส่งผลกระทบต่อมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย(มจร) วิทยาเขตนครศรีธรรมราช และวิทยาลัยสงฆ์สุราษฏร์ธานี โดยเฉพาะ มจร วิทยาเขตนครศรีธรรมราช ได้รับผลกระทบอาคารเสียหายพอสมควร

ขณะเดียวกัน มจร วิทยาเขตนครศรีธรรมราช ได้ร่วมกับองค์การบริหารส่วนตำบลบางจาก ใช้อาคารปฏิบัติธรรมของมหาวิทยาลัย เป็นศูนย์ปฏิบัติการป้องกันและให้ความช่วยเหลือผู้ประสบอุทกภัย วาตภัย จากพายุโซนร้อนปาบึก ทั้งนี้ผู้ประสบภัยในบริเวณใกล้เคียงได้มาพักอาศัยเป็นจำนวนมาก รวมทั้งมีผู้ป่วยติดเตียงที่ทางมหาวิทยาลัยได้ให้การช่วยเหลือ แม้ว่าศูนย์จะได้รับความเสียหายกับตัวอาคารสถานที่เป็นอย่างมากแต่ผู้คนที่เข้ามาพักอาศัย มากกว่า 1,000 คน ปลอดภัยไม่มีผู้บาดเจ็บแต่อย่างใด

พระราชปริยัติกวี,ศ.ดร. อธิการบดี มจร มีความห่วงใยในสถานการณ์ที่เกิดขึ้น และขณะนี้คณะทำงานกำลังประสาน มจร วิทยาเขตนครศรีธรรมราช และวิทยาลัยสงฆ์สุราษฏร์ธานี อย่างใกล้ชิด เพื่อดำเนินการเข้าไปช่วยเหลือตามความจำเป็นอย่างเร่งด่วน ทางมหาวิทยาลัยจึงแจ้งเพื่อให้ประชาคมได้โปรดทราบและจะแจ้งแนวทางการช่วยเหลือในโอกาสที่เหมาะสมต่อไปฯ พร้อมกันนี้ขอได้โปรดสวดมนต์ แผ่เมตตาจิต ให้พี่น้องชาวใต้ โดยเฉพาะครอบครัว มจร มีความแคล้วคลาดปลอดภัยจากมหาอุทกภัยครั้งนี้ด้วย

ขณะเดียวกันวัดพระมหาธาตุวรมหาวิหาร จังหวัดนครศรีธรรมราช พระอนุรักษ์ อนุรกฺขิโต โพสต์ภาพคณะสงฆ์และสามเณรวัดพระมหาธาตุวรมหาวิหารร่วมกันเจริญพระพุทธมนต์ให้ผ่านวิกฤติพายุร้ายนี้ไป และข้อความลงในเฟชบุ๊ก พระอนุรักษ์ อนุรกฺขิโต ว่า โดยมีข้อความระบุว่า

#เจริญพระพุทธมนต์ช่วยชาวใต้ #ฝ่าวิกฤติพายุปาบึก #พระเดชพระคุณ พระเทพวินยาภรณ์ เจ้าอาวาส วัดพระบรมธาตุวรมหาวิหาร นครศรีธรรมราช นำคณะภิกษุสามเณรในปกครองร่วมทำวัตรเย็น เจริญพระพุทธมนต์ เจริญสติภาวนาขอบารมีพระบรมธาตุ ฯ ปัดเป่าภัยพิบัติ ” #พายุปาบึก” ให้ชาวใต้ฝ่าวิกฤติพ้นภัยโดยถั่วหน้ากัน