เมื่อวันที่ ๒๐-๒๒ มิถุนายน ๒๕๕๙ กองกิจการนิสิต สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย อยุธยา ได้จัดกิจกรรมการปฐมนิเทศนิสิตใหม่ ปีการศึกษา ๒๕๕๙ ในการจัดงานครั้งนี้ได้รับความเมตตาจากผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัย อาทิ พระราชวรเมธี,ดร. รองอธิการบริฝ่ายบริหาร พระศรีคัมภีรญาณ,ศ.ดร. รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ พระโสภณวราภรณ์ รองอธิการบดีฝ่ายกิจการต่างประเทศ เป็นต้น เดินทางมามอบนโยบายและให้แนวทางการเรียนรู้และดำเนินชีวิตในรั่วมหาวิทายาลัย
          ขณะที่ พระมหาประยูร โชติวโร ผู้อำนวยการกองกิจการนิสิต กล่าวไว้ในเฟตบุคส่วนตัวว่า "เรียนรู้จากงานปฐมนิเทศนิสิตใหม่ 2559" ความว่า ด้วยความเมตตาของผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัย ได้มอบนโยบายและแนวทางการดำเนินงานโครงการปฐมนิเทศนิสิตใหม่ 2559 รวมทั้งเทคนิควิธีการศึกษาและการใช้ชีวิตให้ประสบความสำเร็จในรั้ว มหาวิทยาลัยแก่มวลนิสิตใหม่ คำสำคัญหลายประโยคบอกเล่าเก้าสิบ เรียงรอยบอกถึงความปรารถนาและหวังดีต่อมวลศิษย์ผู้มาใหม่ให้ภูมิใจในสถาบัน แห่งนี้ที่สมเด็จพ่อ ร.5 พระองค์ผู้สถาปนาให้เป็นสถานที่ศึกษาพระไตรปิฏกและวิชาการชั้นสูง อีกทั้งหลายเหตุผลที่เชื่อว่านิสิตทุกรูป/คนต่างตระหนัก รู้และภาคภูมิใจในเกียรติและศักดิ์ในความเป็น ลูก มจร ต่างสำนึกถึงพระคุณตามคำบอกกล่าวของอาจารย์ผู้เดินมาก่อนว่า "ดื่มน้ำอย่าลืมคนขุดบ่อ มาเรียน มจร อย่าลืมสมเด็จพ่อ ร.5"
        พระเดชพระคุณพระราชวรเมธี,ดร.รองอธิการบดีฝ่ายบริหาร เมตตากล่าวถึงที่มาและความสำคัญของสถาบันแห่งนี้พระเดชพระคุณพระราชวรมุนี,ดร.รองอธิการบดีฝ่ายกิจการนิสิตได้กล่าวเน้นคุณลักษณะนิสิตอันพึงประสงค์(นวลักษณ์)และการเป็นนิสิตให้ประสบความสำเร็จต้องมีทักษะ4ประการ คือ(1)ต้องมีความรู้ดี(2)มีประพฤติดี (3)มีทักษะชีวิต และ(4)มีจิตสาธารณะ พระเดชพระคุณพระศรีคัมภีรญาณ,ศ.ดร.รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ ได้กล่าวถึงการพัฒนาตนให้เจริญด้วยภาวนาทั้ง4 ไม่ว่าจะเป็นทาง(1)กายภาวนา (2)ศีลภาวนา (3)จิตภาวนา และ(4)ปัญญาภาวนา อีกทั้งต้องมี 3 ต.คือ (1)ต้องระวัง(ระวังการใช้วาจา) (2)ต้องเร่งรีบ(เวลา) (3)ต้องฉกฉวย(โอกาส) และเมื่อถึงคราวที่ต้องเลือกสาขาวิชาต้องเลือกวิชาที่ถนัด สาขาที่ชอบและสาขาที่สังคมต้องการ รวมถึงข้อคิดความเห็นของคณบดีหรือผู้แทนคณบดีแต่ละคณะทุกท่านได้เน้นย้ำให้ เห็นว่า(1) ต้องรู้จักปรับตัวอย่าทำตัวเหมือนไดโนเสาร์ (2)ให้ตั้งใจทำให้ถึงที่สุด (3)แต่อย่าคาดหวังจนเกินไป โดยมีบทสรุปทิ้งท้ายว่า "วิชาต้องคู่จรณะ”
      การจัดกิจกรรมปฐมนิเทศนิสิตใหม่ปี ๒๕๕๙ นอกจากได้รับฟังแนวทางการเรียนรู้และการใช้ชีวิตในรั่วมหาวิทยาลัยแล้วยังมีกิจกรรมที่เป็นการเตรียมความพร้อมให้กับนิสิต ด้วย เช่น การส่งเสริมการเรียนรู้ปฏิบัติจริงตามเอกลักษณ์และวัฒนธรรมนิสิต เรื่อง การตั้งแถวขึ้นฉันเพลบนอาคารหอฉันและการเดินจงกลม สำรวมระวังกาย วาจา ใจ การให้ความรู้เกี่ยวกับอัตลักษณ์ นวลักษณ์ คุณธรรมและจริยธรรมนิสิต การทำวัตรสวดมนต์แปลและเจริญภาวนา
    นอกจากนั้นยังมีกิจกรรมเวียนฐานการเยี่ยมชมสถานที่ส่วนงานต่างๆเพื่อให้นิสิตได้รู้จักบุรพาจารย์และสถานที่ทำงานของส่วนงานที่เกี่ยวข้องกับนิสิต อาทิ สำนักทะเบียนและวัดผล สำนักหอสมุดฯ กองกิจการนิสิต เป็นต้น กิจกรรมต่างๆ เป็นการเตรียมความพร้อมสู่ความเป็นบัณฑิตที่พึ่งประสงค์ตามอัตลักษณ์บัณฑิตของมหาวิทยาลัยลัย คือ “มีศรัทธาอุทิศตนเพื่อพระพุทธศาสนา"