เมื่อวันที่ ๒๘ กรกฎาคม ๒๕๔๙ พระธรรมสุธี นายกสภามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้มีคำสั่งที่ ๑๙๙/๒๕๔๙ ลงวันที่ ๒๘ กรกฎาคม ๒๕๔๙ เรื่อง แต่งตั้งรองอธิการบดี จำนวน ๑๗ อัตรา ประกอบด้วย
๑. พระวิสุทธิภัทรธาดา (ประสิทธิ พฺรหฺมรํสี ป.ธ.๕,พธ.บ.Ph.D.) เป็นรองอธิการบดีฝ่ายบริหาร
๒. พระมหาสมจินต์ สมฺมาปญฺโญ (ป.ธ.๙,พธ.ม.,Ph.D.) เป็นรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ 
๓. พระมหาโกวิทย์ สิริวณฺโณ (ป.ธ.๔,พธ.บ.,M.A.) เป็นรองอธิการบดีฝ่ายวางแผนและพัฒนา
๔. พระเทพปริยัติสุธี (อาทร อินฺทรปญฺโญ ป.ธ.๙,พธ.บ.) เป็นรองอธิการบดีฝ่ายกิจการนิสิต
๕. พระครูปลัดมารุต วรมงฺคโล (น.ธ.เอก,พธ.บ.,M.Ed.) เป็นรองอธิการบดีฝ่ายประชาสัมพันธ์และเผยแผ่
๖.พระสุธีวรญาณ (ณรงค์ จิตฺตโสภโณ ป.ธ.๘,พธ.บ.,Ph.D.) เป็นรองอธิการบดีฝ่ายกิจการต่างประเทศ
๗. ผศ.ดร.ชาติชาย พิทักษ์ธนาคม (ป.ธ.๕,พธ.บ.,Ph.D.) เป็นรองอธิการบดีฝ่ายกิจการทั่วไป
๘. พระครูมงคล เขมคุณ (บุญเลิศ เขมจาโร ป.ธ.๖,พธ.บ.,M.A.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตหนองคาย
๙.พระเทพปัญญาสุธี (พร้อม โกวิโท ป.ธ.๘,พธ.บ.,M.A.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตนครศรีธรรมราช
๑๐. พระมหาบุญช่วย สิรินฺธโร (ป.ธ.๓,พธ.บ.,Ph.D.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตเชียงใหม่
๑๑. พระครูปลัดสุกันยา อรุโณ (น.ธ.เอก,พธ.บ.,ศศ.ม.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตขอนแก่น
๑๒.พระศรีธรรมภรณ์ (ดำรง ทิฏฐธมฺโม ป.ธ.๙) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตนครราชสีมา
๑๓.พระครูสารกิจโกศล (สุดใจ นิสฺสโก ป.ธ.๔,พธ,บ.,Ph.D.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตอุบลราชธานี
๑๔.พระครูโสภณพัฒนานุยุต (วรเชฏฐ์ ชวนปญฺโญ ป.ธ.๔, พธ.บ.,ศศ.ม.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตแพร่
๑๕. พระธรรมโมลี (ทองอยู่ ญาณวิสุทฺโธ ป.ธ.๙,พธ.บ.,M.A.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตสุรินทร์
๑๖.พระราชวิริยาภรณ์ (ศรีมูล มูลสิริ ป.ธ.๖,M.A.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตพะเยา 
๑๗. พระพรหมโมลี (สมศักดิ์ อุปสโม ป.ธ.๙,Ph.D.) เป็นรองอธิการบดีวิทยาเขตบาฬึศึกษาพุทธโฆส นครปฐม

ทั้งนี้มีผลตั้งแต่วันที่ ๒๗ กรกฎาคม ๒๕๔๙ เป็นต้นไป